第一步申請人注冊
申請人首次辦理全流程網上商事登記業務時應當通過互聯網在商事登記機關的門戶網站進行用戶注冊，填寫真實、準確的申請人基本身份信息，之后使用數字證書進行身份確認，全流程網上登記系統將自動與數字證書發證機構聯網驗證個人身份的真實性，并完成用戶身份確認。
第二步申請人網上申請
申請人完成用戶注冊并登錄后，選擇擬辦理的業務類型，填寫相應的申請表格、章程、股東決議、任免文件等電子資料，之后，申請人及相關簽字人使用數字證書，對電子申請材料進行電子簽名。申請人及相關簽字人可以遠程或異地完成上述操作。
第三步受理、審核、決定
商事登記機關簽收到申請人提交的申請后，如果材料齊全，應當受理，并在規定的時限內作出是否準予登記的決定。
第四步領取電子營業執照或電子登記通知書
商事登記機關完成核準登記工作后，會通過網上或以短信通知申請人。申請人可在全流程網上登記系統中下載電子營業執照復制件或電子登記通知書，申請人也可免費向商事登記機關申領紙質營業執照或紙質登記通知書。
第五步存儲電子檔案
完成所有工作后，商事登記機關將按照檔案管理制度的規定保存商事登記電子檔案，電子檔案與紙質檔案具有同等法律效力。