申請流程是，一般為專利申請、專利受理、專利審查、專利授權(quán)到發(fā)證。申請專利可以通過國家知識產(chǎn)權(quán)局下載有關(guān)專利申請的文件進一步填寫上交，假如通過專利代理機構(gòu)的形式申請專利的話那么直接讓代理機構(gòu)一站式辦理就可以了，不過需要注意訂立號保密文件，給有資質(zhì)的專利代理機構(gòu)辦理。
法律依據(jù)：
1、《專利法實施細則》第8條規(guī)定：“發(fā)明專利申請涉及國防方面的國家秘密需要保密的，由國防專利機構(gòu)受理;國務院專利行政部門受理的涉及國防方面的國家秘密需要保密的發(fā)明專利申請，應當移交國防專利機構(gòu)審查，由國務院專利行政部門根據(jù)國防專利機構(gòu)的審查意見作出決定。”另外，絕密級涉及國防利益的發(fā)明不得申請國防專利。
2、根據(jù)《國防專利條例》的規(guī)定，國防科學技術(shù)工業(yè)委員會設(shè)立國防專利局，統(tǒng)一受理和審理國防專利申請。所以，涉及國防的發(fā)明創(chuàng)造申請國防專利權(quán)時，可以直接向國防專利局提交請求書、說明書及其摘要、權(quán)利要求書等文件。值得注意的是，申請人應當按照國防專利局規(guī)定的要求和同一格式撰寫申請文件，并親自送交或者經(jīng)過機要通信以及其他保密方式傳叫國防機構(gòu)，不得按普通函件郵寄。國防專利局收到國防專利申請文件之日起為申請日。
如果申請人將涉及國防利益的發(fā)明創(chuàng)造以普通發(fā)明專利向國家知識產(chǎn)權(quán)局專利局提交專利申請，且被專利局受理的，專利局經(jīng)審查認為涉及國防方面的國家秘密需要保密的發(fā)明專利申請，應當移交國防專利局審查。
另外，國防專利局定期派人到專利局查看普通專利申請，發(fā)現(xiàn)其中有涉及國防利益或者對國防建設(shè)有潛在作用需要保密的，在取得專利局同意后抽出轉(zhuǎn)為國防專利申請，并通知申請人。
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